震旦博物馆致力于古器物学的研究和推广，运用玉器、陶瓷器、佛教造像等收藏，发展出一套以「料、工、形、纹」为核心的古器物学方法及理论，多年来透过博物馆的营运平台，以多元化的模式和社会大众接轨，尤其重视与高等学校之间的馆校合作，陆续与北京大学考古文博学院、复旦大学文物与博物馆学系及广州美术学院等单位，建立深度的合作关系。
北京大学考古文博学院与震旦博物馆的合作渊源，可以溯及2003年台北震旦博物馆与其所成立的「北京大学震旦古代文明研究中心」。2013年上海新馆开幕以后，双方交流更加密切。2017年开启「古器物学研究工作坊」专案，由博物馆研究人员为北京大学文博专业研究生讲授中国古代玉器与陶瓷课程。2018年，「北京大学考古实验实践教学基地」于震旦博物馆成立，将古器物学课程纳入北大的学分课程，供研究生选修。
复旦大学文物与博物馆学系是大陆地区创办时间最长的文博专业科系，在博物馆业界享有良好的声誉和影响力，其办学理念与时俱进，适应社会需求，除了注重学科体系的全面建设之外，也很重视教学方法的创新，多次邀请震旦博物馆研究人员为同学们讲授古器物学研究、中国古代玉器专题等课程，结合实物观摩、拓片制作及实地参观等形式，强化教学的效果。2018年，「复旦大学文物与博物馆学系教学基地」于震旦博物馆成立，双方合作关系正式确立。
广州美术学院是大陆地区八大美院之一，美术与设计系科设置齐全，校园风气自由活泼，富有时尚气息，课程内容兼具理论和实践，尤其重视设计教育与经济、社会的发展密切结合。学院师生多次参访震旦博物馆，对馆内的展览陈列及教育研究十分肯定，2019年起，邀请馆内研究人员开设古器物学研究与中国古代玉器专题课程，透过多学科的交叉融合，与产学研联动之方式，开拓同学们的视野。
震旦博物馆的高校教育以具体的实物为中心，基础课程从分项叙述开始，介绍古代器物的材质、工法、造型及纹饰，进阶课程从整合性的角度解释古代器物的设计理念，课堂上配合实物观摩之讲解，逐步掌握古代器物的特徵与风格，课后到博物馆参观，实际印证课堂所学，对于学习和研究都能有所启发与帮助，期许未来有更多的学校加入，让博物馆成为大家共学、共享的教室。
